乔明琦带领的创新团队为中医基础理论现代化和情志病证创新发展，做出突破性成就和贡献。
1. 创建情志病证研究体系
通过临床、基础、新药三方面发现与创新，形成情志病证研究体系平台。
1.1 发现情志病证临床亚型与发病关键机制
经过大样本多中心流行病学表明肝气逆、肝气郁两证是PMS/PMDD主要亚型。首次发现前额皮质、边缘叶、颞叶是该病证发病主要脑区，为肝主疏泄的脑功能调控提供科学依据，在临床上建立该病证诊疗参考标准。
1.2 首创情志病证大鼠、猕猴模型与评价标准
国际首创PMS肝气逆、郁病证猕猴模型。国内首创PMS肝气逆、郁大鼠模型。应用该模型首次明确了关键脑区内E2/5-HT/GABA及其受体信号通路为PMS/PMDD肝气逆、郁两证重要中枢机制，首次证实组分中药舒郁胶囊透过血脑屏障，作用于相关脑区，发挥调肝作用。发表论文14篇，其中SCI收录8篇，模型他引频次326次。
1.3 首创治疗该病证中药新药
研发首类治疗PMS辨证分型中药（见团队形成背景2），以上研究获得国家科技进步二等奖、山东省科技进步二等奖。研发首个治疗PMDD肝气逆证白香丹胶囊中药组分配伍新药，获得国家五类中药新药临床试验批件，获国家发明专利授权。研发首个治疗MDD肝气郁证的组份药物，已获得国家新药临床试验批件，现正进行国家二期临床试验。
通过以上研究和成果形成了情志病证基础临床创新研究平台。
2. 创立“中医情志学”新理论与新学科
2.1 发现情志致病规律，创立中医情志学新学科理论
发现了情志致病的始发因素及伤脏规律的完整证据链，由此从情志概念、情志表达、情志性质、情志心理、情志生理、病理、病证做出深入阐述，创建了中医情志学理论体系，从而发挥出理论的解释和指导作用。
2.2 创立中医情志学新学科的意义与贡献
依据新理论的引导，组建了中医情志学新学科学术梯队、确立了研究方向目标、建立学科基础和临床研究中心，该学科获批国家中医药管理局重点培育学科。乔明琦撰写的国内首部学术专著《中医情志学》2011年获中华中医药学会学术著作一等奖，并改编为教材进入十余所中医院校选修课课程，标志该新理论与新学科已获公认。
3. 创建现代中医基础新理论
3.1 创建现代中医基础理论的基本构架与理论核心
中医药现代化是国家重大战略需求。中医基础理论的现代化、创建现代中医基础理论，是实现整个中医药学现代化的关键。团队已率先创建起“现代中医基础理论”基本构架与理论核心。该理论方向目标由传统中医现象描述迈向现代中医本质阐明。《世界科学技术—中医药现代化杂志》特设“专论”发表系列论文，并于2015年—2017年分别在“泰山学者”论坛、“中华中医药学会中基学术年会”及“香山科学会议”邀请知名院士、专家进行论证，引发各位专家学者的关注和讨论，就创建该理论的必要性及框架达成初步共识。
3.2 创建现代中医基础理论的意义与贡献
意义：由现象描述迈向本质阐明，能够沟通现代科学理论、引导中医临床诊疗模式的变革、提升中药研发水平；同时引领中医学各学科现代化。
贡献：构建中医基础理论的最大贡献就是引领中医基础理论学科建成，在国家中医药管理局中医药重点学科建设单位排名首位。国家二级学会挂靠本学科，乔明琦担任中医基础理论分会主委。上述表明，中医基础理论学科成为全国同行领头学科。
